中心从立项、签订合同、执行、验收、成果转化等各个环节都根据国家科技政策与中心相关制度对科技项目实施科学化、规范化管理。并结合中心科技发展规划的内容和方向，对科技项目进行立项。让合同合伙人对项目进行监督，组织专家对项目验收和成果鉴定。

根据中心特点制定知识产权保护制度，在专利申请方面，对关键核心技术、新产品、新工艺申请专利，对不宜申请专利的专有技术，中心将其作为技术秘密进行保护，并采取一系列措施。此外，涉及到国家秘密的，按国家相关规定执行。

中心根据各研究室的不同特点、固定人员与流动人员的区别、人员的特殊性，制定科研 岗位职责、考勤制度、临时岗位管理制度、实习制度、技术等级、绩效考核、项目考核、资金发放等管理制度。项目奖励为科技项目完成后，根据项目产生的成果、效益对项目人员分配奖励。技术等级每两年评定一次。

工程技术中心将按照企业化模式运行，在经济运行上有自己相对独立的财务系统，独立核算。对中心自有资金建立完善的财务管理、监督机制，中心主任负责协调中心运行所需经费，制定年度资金预算，费用执行实施隔级审批、财务人员审核，并接受依托单位不定期财务审计。

中心每年11-12月召开一次工程技术委员会会议，汇报工作情况，听取专家意见，调整工作计划。